Καταγγέλθηκε σὰν θερμὸς κήρυκας τοῦ ὀνόματος τοῦ Χριστοῦ, συνελήφθη μὲ διαταγὴ τοῦ Διοκλητιανοῦ καὶ φυλακίστηκε στὴ Ρώμη. Ἀπὸ τὴν φυλακὴ στήριζε καὶ καθοδηγοῦσε πολλοὺς πιστούς.

Ἀργότερα ὁ Διοκλητιανὸς τοῦ ἔταξε τιμὲς καὶ ἀξιώματα, διότι ὁ Χρυσόγονος ἦταν ἀνώτερης παιδείας καὶ ἀπὸ εὐγενικὴ καταγωγή. Αὐτὸς ὅμως παρέμεινε στὴν ὁμολογία τῆς χριστιανικῆς πίστης.
Ἐξοργισμένος ὁ Διοκλητιανὸς διέταξε καὶ τὸν ἔσφαξαν μὲ τσεκούρι. Τὸ δὲ λείψανό του τὸ ἔριξαν στὴ θάλασσα, ὅπου τὸ βρῆκε κάποιος ἱερέας Ζωΐλος, ὁ ὁποῖος ἀφοῦ τὸ παράλαβε κρυφὰ τὸ ἔθαψε μὲ εὐλάβεια μέσα στὸ σπίτι του.