Ἡ Παναγιά ἡ Θαλασσίτρια βρίσκεται στό Κάστρο, ἀκριβῶς πάνω ἀπό τή Πλάκα, σέ μιά ἀπό τίς ὡραιότερες τοποθεσίες τῆς νήσου. Εἶναι ἡ προστάτρια τῶν ναυτικῶν. Χρονολογεῖται στά 1738 μ.Χ. καί κατά τή ἀνακαίνιση τῆς ἑνώθηκε μέ τό παρεκκλήσι τῆς Παναγίας Ἐλεούσσας.

Πάνω ἀπό τή πόρτα διακρίνεται τό οἰκόσημο τῶν Κρίσπι (Δοῦκες τῆς Νάξου). Οἱ περισσότερες εἰκόνες πού κοσμοῦν τήν ἐκκλησία εἶναι ἔργα τοῦ γνωστοῦ Μήλιου καλλιτέχνη Ἐμμανουήλ Σκορδίλη καί τῶν μαθητῶν του.